吉林市原名吉林乌拉，满语意思为“沿江的城池”。人类史前文化发源地之一，考古发现，16~23万年以前，就有人类在吉林地区栖息。距今约8万年前的旧石器时代，吉林地区始有众多人类活动。西汉初年（2200年前）在龙潭山和东团山一带建立地方少数民族政权，成为汉魏时期“夫余”王国的故都，从此吉林建城距今已有2200年的建城历史。公元410年高句丽复筑龙潭山城，成为高句丽王国的北方重镇。公元713年建渤海国后，成为独奏州涑州所在地。辽代，吉林隶属东京道涑州，靺鞨改称女真。女真人建立金政权灭辽后，吉林隶属金咸平路。元朝，吉林初属开元路，后属辽东宣慰司。明代初，吉林属奴儿干都司，中期属海西女真乌拉国，后期归属建州女真为后金领地。辽东都指挥使刘清三次奉命到松花江造船，吉林始有“船厂”之称。清初，清政府在宁古塔（今黑龙江省宁安县）驻兵，在吉林造船，设水师营。康熙十年（1671年），宁古塔副都统安珠瑚奉命移驻吉林；康熙十二年（1673年），开始建城设治；康熙十五年（1676年），宁古塔将军巴海移驻吉林后，成为仅次于盛京（沈阳）的东北区域的政治、经济、军事和文化中心，也是吉林省治所在地。雍正五年（1727年）设永吉州，州治在吉林城。乾隆十二年（1747年）改永吉州为吉林厅，隶属宁古塔将军。乾隆二十二年（1757年）宁古塔将军改称吉林将军。光绪七年（1882年），吉林厅升为吉林直隶厅，次年又升为吉林府。光绪三十三年（1907年）清政府宣布设奉天、吉林、黑龙江行省，吉林省治仍设在吉林城。1912年，中华民国成立，改吉林巡抚为吉林都督。1913年改吉林府为吉林县，1929年改吉林县为永吉县，同时设吉林市政筹备处。1931年，日本军队占领吉林市。1932年，3月1日，日本在长春设立伪满州国。1936年4月1日，成立伪吉林市公署。1945年8月15日，日本投降。同年9月，国民党成立吉林地方治安维持会；10月，在中共吉林市委组织下成立吉林市政府；11月成立省政府于吉林市。1946年5月，吉林省、市政府撤出吉林市。同年10月，国民党在吉林市成立吉林省、市政府。1948年3月9日，吉林市解放。同年10月，省政府从延吉迁到吉林市。10月23日，成立吉林市人民政府。1949年中华人民共和国成立后，吉林省、市政府仍设在吉林市。1954年9月，吉林省政府迁往长春。1958年，将永吉、磐石、舒兰、蛟河、桦甸县划归吉林市领导。1988年桦甸撤县设市，1989年蛟河县改市，1992年舒兰县改市，1995年磐石县改市。1992年设国家吉林高新技术产业开发区。2009年设国家吉林经济技术开发区。